1、植物资源
林木类共有林木树种64种,其中用材林48种,经济林16种。乔木主要树种有杨、柳、榆、桑、杉、金钱松、马尾松、银杏、梧桐、八角、茴香、广玉兰、楠木、合欢、苦楝、楠竹、淡竹、荆竹、水竹、桃、李、栗、枣、梅、杏、柿等。灌木主要树种有白栎、毛栗、黄荆、油茶、石榴、野山楂、猕猴桃、山鸡椒、牡荆等。
药材类境内出产的中草药品种有132科、500余种,估算总蕴藏量约为630万公斤,其中,大宗药材品种50个。蕴藏量较大的有薄荷药25万公斤以上；木防已、石蒜、马鞭草、虎杖、小青草等均在10万公斤以上；益香草、香附子、茵陈、干姜、陈皮、夏枯草、野菊花等均在5万公斤以上；苦参、乌药、贯众、车前草、丹参、苍耳子、阴行草、箕盘子、亥白、女贞子、水菖蒲等均在2.5万公斤以上。
2、水文资源
武穴境内地表水文网密布。长江自西向东流经市境西南部和南部边缘。全市流域面积主属长江下游干流区华阳河系,源出北部低山和中部丘陵的梅川、荆竹、大金、戴文义、铁石等河注入武山湖、太白湖汇集东流入华阳河,干流自武山湖经丰收大港至太白湖。流域面积共计953.2平方公里。其次属长江中游干流区蕲水河系,源出西北丘陵的松阳、栗木、百园等山河,向西注入蕲春赤东湖,流域面积126.7平方公里。此外,有马口湖流域面积76平方公里,以及长江武穴段流域面积44.45平方公里（包括新洲水面）。全市现有总水面145.67平方公里,占总面积12.14％。境内地表水文网密布其中湖泊面积37.26平方公里,河港面积9.2平方公里,水库塘堰面积58.9平方公里,长江水面40.31平方公里。现有太白（与黄梅共有）、武山、马口3个湖。境内干流长20公里以上的季节河有4条,即梅川河、荆竹河、大金河、戴文义河,20公里以下的小河7条,此外有丰收、西港、百米、新港等4条大港。
3、动物资源
武穴境内野生动物共有水生、兽禽、昆虫等几大类。
水生类境内有水生类动物90余种。其中名贵鱼种有团头鲂、鳜鱼、长吻鳊、鲥鱼（长江武穴段出产）、银鱼（太白湖出产）、鳗鲡（俗称白鳝）等；其它水生类动物有乌龟、鳖（俗称团鱼）；中华绒鳖蟹、褶纹冠蚌、三角帆蚌、背角无齿蚌、湖螺、、方形环螺、乌苏里圆田螺、中华大蟾蜍（俗名癞蛤蟆）、虎纹蛙、金钱蛙、青蛙、蝾螈。
兽类有金钱豹、小灵猫（俗称香狸）、鬣羚、穿山甲（俗名鲮鲤）、小麂、狗獾（俗名芝麻獾）、猪獾（俗名沙獾）、黄鼬（俗名黄鼠狼）、山獾（俗名白猸）、青鼬、豹猫（俗名狸猫）、野猪、水獭、果于狸（俗名花面狸）、刺猬（俗名刺猪）、豺（俗名豺狗）、狐（俗名草狐）、狼、貉等。禽类有白冠长尾雉（俗名地鸡）、啄木鸟、猫头鹰、喜鹊、乌鸦、八哥、大杜鹃（布谷）、白鹭（鹭鹚）、环颈雉（野鸡）、白云瓮、云雀（叫天子）、鹌鹑、翠鸟、秧鸡、燕、董鸟、白鹤、鹊鸲,雁、野鸭、鹰、斑鸠、麻雀等。
昆虫类及其它境内主要有蚕、蜜蜂、赤眼蜂、金小蜂、土别虫（注：上述昆虫亦人工喂养）、野蜂、瓢虫、螳螂、蜘蛛、蜻蜓、蝴蝶、蚁等。两栖、爬行类动物主要有蛇（马梢蛇、蝮蛇、泥蛇、赤链蛇、白花蛇、眼镜蛇等）、壁虎、蚯蚓、蜥蜴、蜈蚣等。
4、矿产资源
武穴境内金属矿产有40多种。金属矿主要有铅、锌、铜、金红石。非金属矿产资源丰富,以石灰岩、白云岩、花岗岩占优势,其次为磷、钾矿,可燃性矿产有煤矿。
铅锌矿分布于阳城的湖北垸至下伍一带。余川田庆二及荆竹水库大坝等地亦有矿化点、有益矿物、有方铅矿、闪锌矿。铅和锌的平均品位较高,为中型矿床。
金红石矿分布于南泉、梅川、横岗、太平一带。计有27个矿体。伴生矿物有黄铁矿、磷石灰,地质储量为114.73万吨,二氧化钛的总量4.15万吨。
铁矿磁铁矿矿点在龙神寨和芦河蓝家窑。褐铁矿矿点在阳城的骆驼山和石佛寺的破头山,规模均很小。
铜矿有小型矿床2处(刘元、赤铜I山),矿点3处,矿化点2处。
磷矿、钾矿主要分布于大林山一带,已探明磷钾矿D级储量2167.95万吨。
白云岩矿变质型矿床,分布于北部的北泉凹至大林山,铜鼓寨至崔尔寨,葫芦山至岳山,赵俊至李受一,青嵩铺至上、下杨垸,牛皮坦至周家垸、罗尔岭等地。断续出露长约19公里,总面积约120平方公里。矿石成分主要有白云石95%—99%,还有少量方解石、闪石、白云母、石英、磁铁矿等。
石灰岩矿面积约300平方公里。马口、田家镇、盘塘等地。泥晶灰岩、白云质灰岩及白云岩,储量大,质量好。
花岗岩矿面积约300平方公里,块度大,成材率高,开采条件好。
硅石矿八里岩矿点纯白色,隐晶质结构,含量99.85%。四望山矿点5个有矿体,推测储量为817.28万吨。
石棉矿有赵俊、困龙、罗林、黄土岭及田北海等地5个矿点。赵俊矿点为多水海泡石石棉、质量较好,储量为0．25万吨。
煤矿分布于西南部沿江一带,探明储量958.22万吨,其中工业储量472.26万吨。